Последний режим добавлен в Ю-Ги-О! Мастер Дуэль является Командная битва. Этот режим позволяет игрокам сражаться в Дуэли 3 на 3 или 5 на 5 которые могут либо доказать, какой отряд является лучшим, либо бросить вызов дуэлянтам с уникальные ограничения. Дуэли, сыгранные в командном бою, не учитываются в вашем рейтинговом рейтинге побед и поражений, а также не учитываются в вашем прогрессе. Пропуск дуэлянта — они просто служат забавной альтернативой прохождению рейтинговых дуэлей или игре в одиночку в обычных дуэлях или одиночных вратах.